首个莎草科专属基因组数据库

Cyperaceae Genome Database

莎草科基因组综合数据库 · CGD v1.0

系统整合 40 个莎草科代表物种的全套多组学数据，集成高速 BLAST 序列比对、 JBrowse 2 基因组可视化与标准化批量下载，为全球研究者完全开放。

开始 BLAST 比对 浏览基因组 批量下载
40
代表物种
12
染色体级别
680K+
蛋白序列
∞
完全免费开放
Cyperus rotundus 香附子 Eleocharis vivipara Cyperus iria 碎米莎草 Rhynchospora globosa Carex extensa Bolboschoenus maritimus Schoenoplectus pungens Cyperus papyrus 纸莎草 Fimbristylis sericea Kobresia bellardii Eleocharis palustris Fuirena abyssinica Scirpus americanus Cyperus esculentus 油莎草 Isolepis cernua Cyperus rotundus 香附子 Eleocharis vivipara Cyperus iria 碎米莎草 Rhynchospora globosa Carex extensa Bolboschoenus maritimus Schoenoplectus pungens Cyperus papyrus 纸莎草 Fimbristylis sericea Kobresia bellardii Eleocharis palustris Fuirena abyssinica Scirpus americanus Cyperus esculentus 油莎草 Isolepis cernua
基因检索

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输入基因名称、GO 功能词汇、或物种学名，跨40个物种全库检索。

热门： ALS ACCase CYP450 PEPC rubisco GO:0006096
核心功能

一站式莎草科组学分析平台

BLAST Search
序列比对
粘贴任意 DNA 或蛋白序列，在40个物种全基因组范围内极速局部比对，支持 blastn / blastp / blastx。
● 实时在线
Genome Browser
基因组浏览器
JBrowse 2 驱动，支持基因结构、TE 重复元件、RNA-seq 覆盖度多轨道叠加可视化，无限缩放。
● JBrowse 2
Data Download
批量数据下载
免费开放全部物种的基因组序列、GFF3 注释、CDS、蛋白质库及功能注释 TSV，标准化命名。
● 完全免费
Functional Annotation
功能注释查询
整合 GO / KEGG / InterPro 三大注释体系，支持通路富集可视化与跨物种功能比较。
★ 新功能
Orthogroups
直系同源家族
基于 OrthoFinder 构建莎草科全科直系同源家族数据库，追踪基因在40物种间的保守与扩张。
★ 新功能
Phylogenomics
系统发育基因组
可视化莎草科物种进化树，探索 C4 光合途径与全着丝粒染色体的独立演化历程。
★ 即将上线
物种资源

40 个代表物种

查看全部 →
# GCA 编号 物种学名 代码 中文名 组装级别 基因数 操作
01 GCA_052426515.1 Cyperus rotundus Crot 香附子 Chromosome 38,412 查看 →
02 GCA_042767885.1 Eleocharis vivipara Elvi 胎生荸荠 Chromosome 31,205 查看 →
03 GCA_050947265.1 Cyperus iria Cyir 碎米莎草 Chromosome 29,887 查看 →
04 GCA_037127355.1 Rhynchospora globosa Rhgl 球穗刺子莞 Chromosome 27,341 查看 →
05 GCA_965614465.1 Cyperus papyrus Cype 纸莎草 Chromosome 33,560 查看 →
06 GCA_011114355.1 Eleocharis palustris Elpa 湿生荸荠 Scaffold 24,108 查看 →
… 另有 34 个物种 · 查看完整列表 →
数据下载

标准化数据 · 完全免费开放

所有数据以标准格式提供，gzip 压缩，命名规范统一。支持 HTTP 直链下载及 FTP 批量获取。

FASTA · .fa.gz
基因组序列
染色体/Scaffold 级别基因组序列，samtools faidx 索引
~2–8 GB / 物种
GFF3 · .gff3.gz
基因结构注释
基因 / mRNA / 外显子 / CDS，bgzip + tabix 索引
~50–200 MB / 物种
FASTA · .protein.fa.gz
蛋白质序列
全蛋白组序列，可直接用于 BLAST 本地搜索
~30–120 MB / 物种
TSV · .go_kegg.tsv.gz
功能注释表
GO / KEGG / InterPro 三合一注释，一行一个注释
~10–50 MB / 物种
📖 引用 CGD

如果您在研究中使用了 CGD 的数据或工具，请引用：
[作者姓名] et al. (2026). CGD: the Cyperaceae Genome Database, a comprehensive multi-omics resource for 40 representative species. Nucleic Acids Research, 54(D1), D–D. doi:10.1093/nar/gkXXXXXX