组装与注释信息
| 物种学名 | Cyperus rotundus L. |
| 中文名 | 香附子 / 莎草 |
| GCA 编号 | GCA_052426515.1 |
| 组装级别 | Chromosome-level |
| 组装软件 | HiFiasm + Hi-C scaffolding (ALLHiC) |
| 测序技术 | PacBio HiFi + Illumina + Hi-C |
| 基因预测 | BRAKER2 + RNA-seq evidence |
| 功能注释 | InterProScan + eggNOG-mapper v2 |
| 重复注释 | RepeatModeler2 + RepeatMasker |
| 提交时间 | 2025 年 10 月 |
| 数据来源 | 本课题 — Hainan University |
基因组组成
BUSCO 完整度
93.4%
COMPLETE
完整单拷贝 · 89.1%
完整多拷贝 · 4.3%
碎片化 · 2.8%
缺失 · 3.8%
染色体核型（54条）
高度代表染色体相对长度 · 点击查看详情
JBrowse 2 基因组浏览器 — Cyperus rotundus
实际部署后将嵌入真实 JBrowse 2 实例
1.00 Mb
1.02 Mb
1.04 Mb
1.06 Mb
1.08 Mb
参考序列 Chr01
基因模型
Crot_g00234
CYP76C4 ★
Crot_g00238
ALS
Crot_g00242
TE 重复元件
RNA-seq 覆盖
↑ 预览视图 · 实际部署后将加载真实 JBrowse 2 实例
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基因列表
共 23,280 个蛋白编码基因
| 基因 ID | 基因名称 | 染色体 | 位置 | 链 | 长度 | GO 注释 |
|---|
显示 1–20 / 23,280 条
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相关文献
Chromosome-Level Genome Assembly and Annotation of purple nutsedge (Cyperus rotundus Cyperaceae)
CGD: the Cyperaceae Genome Database, a comprehensive resource for 40 representative species